La Secretaria de Calidad Ambiental tendrá como misión asistir al Ministro/a de Ambiente y Cambio Climático en todos los aspectos relacionados a la evaluación del impacto de las actividades antrópicas en el ambiente, la fiscalización y el control de la contaminación ambiental y la gestión de los residuos peligrosos, todo ello en el marco de lo previsto por la Constitución de la Provincia de Jujuy, la Constitución Nacional, y la normativa ambiental vigente.